好気性発酵（酸素を利用する微生物での発酵）は、（ふん尿などの）有機物を酸化分解（有機物と酸素がくっつき別な物質に）され、代表的なアンモニア（NH3）は発生するも、比較的悪臭が少ない物質などに分解されてゆきます。
嫌気性発酵（酸素を利用しない微生物での発酵）は、有機物が還元分解（酸素をうばう＝腐敗）され、アンモニア（NH3）の他に、硫化水素（H2S）や低級脂肪酸（VFA）等の「悪臭物質」が大量に発生されます。このように・・・・
いやな臭いは、空気（酸素）がいっぱいある状態（好気性）より、空気（酸素）が入りにくい状態（嫌気性）の方が発生する場合が多ようです。